【三代定序新知分享】我全都要!! PacBio HiFi reads讓你好貪心 ... | 化學工廠資訊網
小編相信大家都生活在這個社會這~麼久了,一定有學習到這樣一個亙古不變的經驗:如果想要省時間,一定就會耗費比較多的能量;如果想要用比較少的能量來完成一件事, ...
【三代定序 新知分享】我全都要 !! PacBio HiFi reads讓你好貪心也沒關係
小編相信大家都生活在這個社會這~麼久了,一定有學習到這樣一個亙古不變的經驗:
如果想要省時間,一定就會耗費比較多的能量; 如果想要用比較少的能量來完成一件事,時間就一定會拉得很長。
即使今天找到了一個又省時間又省能量的方法,卻一定不省錢 !
省時/省力/省錢的選擇總是在生活中處處考驗著我們,而且目前看來是沒有辦法達成一個平衡。
這樣一個道理,在定序的世界也是一樣,準確性高的卻奈何讀長短、而讀長長的卻又錯誤百出。
但是! 這些情況都是發生在2019年以前,自從PacBio能夠產出HiFi reads後,想要得到又長又準確的序列已經不是夢想,除此之外在2021年推出的Sequel IIe除了提升了8倍的數據量並且還可以直接產出HiFi reads,雖然相比NGS的定序成本仍然顯得昂貴,但相比之前三代定序的價格的確又接近平價了一些。
(Fig. 1)
揪~竟PacBio的HiFi reads是什麼? 讀長長又準確的證據是哪裡來的? 跟CCS reads又有什麼差異? 主要能貢獻在哪些應用? 又要多少的數據量才會足夠呢?
來 ! 板凳準備好,讓我們繼續看下去~
首先,我們可以從PacBio定序流程的改善來探討HiFi reads為什麼能夠達到那麼高的準確
率 (PacBio定序原理文章連結: 魚與熊掌皆可兼得–Pacbio定序原理淺談[1])。
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