NGS 次世代定序常用名詞 | 化學工廠資訊網
什麼是定序深度:何為G(Gbp)G:十億鹼基Gigabp定序深度取決於實驗需求,一般定序越深越好,但經費及分析費用就會增加一般轉錄組:4-10G表達譜:30M基因組:要看基因組 ...
Genome,單倍體細胞核、細胞器(線粒體、葉綠體)或病毒粒子所含的全部 DNA分子或 RNA 分子。全基因組 de novo 測序:又稱從頭測序,它不依賴於任何現有的序列資料,而直接對某個物種的基因組進行測序,然後利用生物資訊學分析手段對序列進行拼接、組裝,從而獲得該 物種的基因組序列圖譜。
全基因組重測序:對已有參考序列(Reference Sequence)物種的不同個體進行基因組測 序,並以此為基礎進行個體或群體水準的遺傳差異性分析。全基因組重測序能夠發現大量的 單核苷酸多態性位元點(SNP)、 拷貝數變異(Copy Number Variation,CNV)、 插入缺失(InDel, Insertion/Deletion)、結構變異(Structure Variation,SV)等變異類型,以準確快速的方法 將單個參考基因組資訊上升為群體遺傳特徵。
轉錄組:Transcriptome,是指特定生長階段某組織或細胞內所有轉錄產物的集合;狹義上 指所有 mRNA 的集合。
轉錄組測序:對某組織在某一功能狀態下所能轉錄出來的所有 RNA 進行測序,獲得特定狀 態下的該物種的幾乎所有轉錄本序列資訊。通常轉錄組測序是指對 mRNA 進行測序獲得相 關序列的過程。其根據所研究物種是否有參考基因組序列分為轉錄組 de novo 測序(無參 考基因組序列)和轉錄組重測序(有參考基因組序列)。
外顯子組:Exome,人類基因組全部外顯子區域的集合稱為外顯子組,是基因中重要的編 碼蛋白的部分,並涵蓋了與個體表型相關的大部分的功能性變異。
外顯子組測序:是指利用序列捕獲技術將全基因組外顯子區域 DNA 捕捉並富集後進行高通 量測序的基因組分析方法。外顯子測序相對于基因組重測序成本較低,對研究已知基因的 SNP、InDel 等具有較大的優勢。
目的地區域測序: ...
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