比較二代與三代平台之間的再現性、準確性和實用性(上) | 化學工廠資訊網
2021年12月24日—Author:圖爾思生物科技歡迎來到圖爾思的次世代定序知識櫥窗!官方網站:http://www.toolsbiotech.com/TEL:886-2- ...
原創文章 引用請註明出處隨著定序成本的降低,高通量DNA定序技術在臨床檢測與基礎生醫研究中已被視為常用方法,其用途包含但不限於個體或族群間的變異偵測、基因體物種等級的鑑定,辨識混合物中的物種多樣性等[1,2]。DNA定序可能會因各種因素影響上機結果,包含樣品收集、建庫的準備、定序機型及試劑,以及後續的生物資訊分析手法,以上各項都會影響DNA定序的準確性及覆蓋率。在過去,微陣列晶片品質控制聯盟 (The Microarray Quality Control Consortium) 曾做過多項大型研究,特別去看 RNA-seq 的再現性、 RNA-seq 的品質控制、 RNA-seq 與微陣列晶片之間的再現性、數據處理及標準化的最佳方式[3-5]。然而,卻沒有類似研究探討DNA定序在不同重要平台之間的再現性。本文要跟大家介紹的文獻就是比較二代與三代各平台之間的再現性、準確性和實用性[6]。因文獻內容較多,故分為上、下集,上集會針對定序品質、序列對應率、覆蓋率、錯誤率去探討,下集則討論單核苷酸與插入/缺失異常、結構變異偵測率、細菌定序結果。時間緊迫者可直接拉至文末觀看上集結論。
【研究背景介紹】 本篇研究比較多平台於不同實驗室間定序人類基因體、三隻菌株,以及含 10 種菌的混合物總基因體定序結果。人類樣品從個人基因體計畫 (Personal Genome Project, PGP) 建立而來的 RM8392 細胞株,為德系猶太人家族檢體,分別是母親 (HG004)、父親 (HG003)、兒子 (HG002)。單菌檢體從美國典型培養物保藏中心 (American Type Culture Collection, ATCC) 而來,總基因體細菌檢體則包含不同GC含量、革蘭氏染色、生態學和生理學的細菌混合於單一樣品中,編號 ATCC MSA-3001。每個機台與相對應的定序樣品標示如圖一。
定序平台則包含: 二代定序平台 Illumina (HiSeq 4000, HiSeq X1...
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